Dengan gaya arsitektur bergaya Indische Empire, stasiun ini memiliki tembok tinggi, atap peron bergaya Eropa, dan ornamen klasik yang membedakannya. Ditetapkan sebagai bangunan Cagar Budaya sejak 26 Maret 2007, Stasiun Bogor menjadi salah satu landmark Kota Bogor.
Terowongan Paledang, selain menjadi jalur transportasi kuno, menyimpan sejarah tragis. Pada tahun 2000, terjadi kecelakaan maut saat kereta Bogor-Sukabumi melintas, menelan korban 20 pelajar.
Sebelum tragedi itu, warga sekitar sudah merasakan kehadiran mistis di sekitar terowongan, dengan cerita tentang suara-suara aneh dan penampakan hantu tanpa kepala yang berkeliaran.
